Mientras que Eclipse fué desarrollado por IBM, Netbeans ha sido desarrollado por Oracle. Ambos IDE's son multi-idomas por lo que podremos utilizarlos para programar en varios lenguajes de programación. Además son multi-plataforma por lo que podremos utilizarlos en cualquier sistema operativo.

Es dificil hacer una comparativa de ventajas o desventajas de uno u otro porque dependerá del entorno que más te guste y de la tecnología que vayas a usar con él, pero a muy groso modo y aquello que si es palpable es lo siguiente comparando las últimas versiones de Eclipse Juno y Netbeans 7.3.

Eclipse

• Más rápido
• Más flexible
• Más plugins
• Mejor soporte para desarrollo Android
• Herramienta Gui SWT. SWT requiere que las bibliotecas nativas se incluya con el producto final.

Netbeans

• Más pesado sobre todo tieneno varios proyectos.
• Herramientas Swing estándar. 
• GUI más intuitiva.
• SVC más intuitivo (GIt)
• Mejor soporte para PHP
• Permite importar proyectos de Eclipse y otros IDE's